基因PAV鉴定合并所有样本基因PAV结果核心和非必需基因分析拟合曲线富集分析核心和非必需基因家族分析基因PAV鉴定bowtie2 -p 5 \ -x ./index/genome \ -1 ../02.ReadsFilter/S288c_1.fq.gz \ -2 ../02.ReadsFilter/S288c_2.fq.gz \ 2> PAV.S288c/bowtie2.log | \ samtools view -bS -f 2 | \ samtools sort -o PAV.S288c/S288c.sort.bamsamtools index PAV.S288c/S288c.sort.bamjava -Xmx4g -jar /pub/software/SGSGeneLossv0.1/SGSGeneLoss.v0.1.jar \ minCov=2 lostCutoff=0.2 \ bamPath=PAV.S288c/ \ bamFileList=S288c.sort.bam \ outDirPath=PAV.S288c/ \ chromosomeList=all \ gffFile=./pangenome.gff3cat PAV.S288c/*.excov | awk 'NR==1 || $1 !~ /^chromosome,/' > PAV.S288c.excov
合并所有样本基因PAV结果
核心和非必需基因分析拟合曲线
富集分析核心和非必需基因家族分析？这怎么分析？好像没法进行。。。